第1話「チーム結成!」Pilot
海軍将校のスティーヴ・マクギャレットは、韓国での犯罪者の護送任務中、脱走計画を企てる犯人グループの襲撃を受ける。そして多くの仲間を失った上、犯人の一味にオアフ島に住む父まで殺害されてしまう。悔恨の念に苛まれ、マクギャレットはハワイに帰郷する。
第2話「家族」Ohana
ローランド・ラウリーという男が誘拐される事件が起こる。マクギャレットたち特別捜査班が事件を担当することになり、ローランドは米空軍の大将に会いにいく途中だったことが判明。さらに、犯人グループの一人が怪我をして逃走していることがわかり、その男の足取りを追う!
第3話「島を守って」Malama Ka Aina
マクギャレットたちはフットボールの試合を見に行く。ダニーは愛娘グレイスを連れ、彼女と過ごす時間を楽しんでいたが…。そのとき、グラウンドでギャングの撃ち合いが勃発!騒然とする現場でチンがある男を追いかけるが、男の顔を見てショックを受け、彼を見逃してしまう。
第4話「脱獄犯」 Lanakila
刑務所で事件が起こる。服役中の凶悪犯ドーキンスが看守を盾に脱走したのだ!ファイブ・オーが捜査を進める中で、ドーキンスの狙いはアメリカ本土から旅行にきたダナとクレイグのカップルであることがわかる。マクギャレットたちは二人が宿泊するホテルの部屋へ急ぐが…。
第5話「消えた令嬢」Nalowale
潜水艦ツアーの乗客が、海中で若い女性の遺体を発見。ファイブ・オーが捜査を開始する。女性の身元は、ハワイに家族で遊びに来ていた米フィリピン駐在大使の令嬢。姉妹で映画に出かけたきり戻らず、残されたもう一人の娘は行方不明だという。果たして姉妹に何があったのか!?
第6話「ノースショアの銃弾」Ko'olauloa
サーフィン大会で波乗りをしている最中、初老の男が何者かに銃で撃たれて死ぬ。男の名はイアン・アダムスで、世界的サーフィン・ブランドのCEOだった。かつてイアンの元でプロ・サーファーとして活躍していたコノは、父親のように慕っていたイアンの死にショックを受ける。
第7話「真実を求めて」Ho'apono
人気観光スポットのひとつ、戦艦ミズーリ号で立てこもり事件が発生する。犯人は米軍特殊部隊の隊員グラハム。妻を殺した容疑で追われていたが、人質を取り、自分の無実を証明してくれと訴えていた。マクギャレットは、グラハムの話を聞くため、ひとりで戦艦に乗り込む!
第8話「信念」Mana'o
ダニーの元相棒メッカが、警察バッチを口に突っ込まれ、蒸し焼きにされるという惨い姿で発見される。ダニーは友人の死にショックを受け、犯人逮捕に執念を燃やす。しかし警察では、メッカが外部に情報を流していたのではないかと、メッカに汚職容疑がかけられていた!
第9話「将軍暗殺計画」Po'ipu
大量の虐殺を行ったパク将軍が、サミット参加のためハワイへやってくることに。その直前、将軍の送迎に関わる外交安全局員のアトウォーターが、ホテルの部屋で殺されているのが発見される。アトウォーターは、パク将軍暗殺計画の情報を持っているとほのめかしていた。
第10話「アスリートを追え!Heihei
現金輸送車が突然、白いつなぎにマスクを被った犯人グループに襲われる。犯行現場にはなぜか、同じ格好をした人たちが大勢集まっていた…。ファイブ・オーは、奪われた現金の場所を特定することに成功。しかしそこに犯人の姿はなく、現金は輸送車ごと海に乗り捨てられていた!
第11話「ハネムーンの悲劇」Palekaiko
マクギャレットはチンが亡き父を慕っていたと感じ、父が遺した謎について打ち明ける。そんな中、ハワイに新婚旅行にきた夫婦が行方不明に。新妻のエリカは、ネグリジェ姿で森をさまよっているところを偶然保護されるが、自分の身に何が起こったかほとんど記憶がないという。
第12話「因縁の対決」Hana 'a' a Makehewa
クリスマスを目前に控え、ダニーは娘と祝う準備を進める。そんな中、大物の武器密売人が死体で発見され、調べを進めるファイブ・オーは防犯カメラに残る容疑者の姿を見て愕然とする。その男は、マクギャレットの父を殺したヴィクター・ヘス。そして因縁の対決が幕を開ける!
第13話「事の起こり」Ke Kinohi
夜中、マクギャレットの自宅に3人の男が侵入!激しい抵抗もむなしく、父が残した工具箱を持ち去られてしまう。犯人の正体は不明だったが、妹のメアリーが工具箱の在り処を吐かされたのではと考え、急いで彼女の自宅へ。しかしそこにメアリーの姿はなく、床には血痕が…。
第14話「無実の男」He Kane Hewa'ole
不審な逃走車がいるとの連絡を受け、近くにいたチンとコノが追う!激しいカーチェイスの末、車は横転。車内からは白人男性の生首が発見される!しかし、運転手の男は“ミンファ”という名前だけを残して絶命。身元不明の2つの遺体を前に、ファイブ・オーが捜査を開始する。
第15話「作られた偶然」Kai e'e
人で賑わうビーチに、突然警報が鳴り響く。3時間後に津波が押し寄せてくるというのだ!人々が一斉に避難を始める中、ファイブ・オーは津波警報センターへ向かう。すると、センターのトップで津波観測の権威であるラッセル博士が行方不明だという。これは偶然か、それとも!?
第16話「勇気ある証言」E Malama
大物麻薬密売人ブレナーの裁判当日、隠れ家に保護されていた証人ジュリーを迎えに二人の警官がやってくる。しかし彼らの正体は殺し屋だった!ジュリーは反撃し、密林へ逃亡。裁判の時間が迫る中、ファイブ・オーは彼女を見つけ出し、無事に裁判所へ送り届けることができるのか!?
第17話「海賊」Powa Maka Moana
12人の大学生旅行客を乗せた船が、武装した男たちに襲われる。連絡を受けて現場に向かったファイブ・オーは、船長とトンガ系の海賊を死体で発見。大学生たちの姿はなく、デッキの下に隠れて唯一危険を回避した乗務員スーザンの話から、海賊たちによる人質誘拐事件が明らかに!
第18話「ロング・グッドバイ」Loa Aloha
ダニーの弟マットがハワイにやってくる。陽気なマットのおかげで、ダニーは家族と楽しい時間を過ごすのだが…。一方ファイブ・オーは、目の前で娘を殺されたカマレイ判事の事件を担当。判事がかつて裁いた凶悪犯が容疑者に浮上するが、その時、真犯人は“第二の犯行”に及ぶ!
第19話「ヒーローの死」Na Me'e Laua Na Paio
スーパーヒーローの格好をした男が、ホテルの窓から落ちてくる!その男は、ホノルルで開催中のコミック・イベントに参加する予定だったようなのだが…。一方、ファイブ・オーのオフィスにはCIAの女性捜査官が現れ、スティーヴの父に関する資料を引き渡すよう要求する。
第20話「父の想い」Ma Ke Kahakai
スティーヴとダニーは、誰も足を踏み入れないような山奥の崖で男の遺体を発見する。男の名はジャック・ラング。息子の証言から、ラングは自分の船を持つ真面目な漁師で、トラブルとは無縁だったことがわかるが…。そんな男がなぜ殺され、さらに山奥に遺体を捨てられたのか!?
第21話「裏切り」Ho'opa'i
NYの犯罪組織に潜入しているFBI捜査官のレジーは、黒幕キャノンに同行してハワイへ。実はレジーにはハワイに残した家族がおり、潜入捜査中ながら極秘に妻と息子に会いにいくのだが…。再会の喜びも束の間、突然家が襲撃され、妻と護衛の捜査官1人が殺される。裏切り者は誰だ!?
第22話「燃えた愛憎」Ho'ohuli Na'au
海岸で水着の撮影中、控え室のトレーラーが炎上!中に閉じ込められた一流カメラマンのレニーが焼死した。モデルの中にはレニーの婚約者と元カノがおり、婚約者はレニーの子を妊娠していたという…。一方チンは、保管庫から消えた大金について、内部調査室に呼び出される。
第23話「ギブ&テイク」Ua Hiki Mai Kapalena Pau
ウォー・ファットの隠れ家に突入を試みるファイブ・オー。しかし、そこに居たのはファットを待ち伏せていたサン・ミンだった!逃走するサン・ミンを追う最中、ダニーが病院に緊急搬送される事態に。さらに、隠れ家付近で化学兵器サリンが発見され、現場に緊張が走る!
第24話「ファイブ・オーの危機」Oia'i'o
スティーヴの元に謎の封筒が毎週届けられ、父が残した工具箱の中にあった証拠品が、少しずつ返却されるようになる。いったい誰が、何の目的で…?一方、知事の元で働くローラが車に仕掛けられた爆弾で爆死。独自の手口から、ウォー・ファットが容疑者に浮上する!
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